著作和译著：
1、殷存毅等，《工业4.0背景下的两岸产业合作》，社会科学文献出版社，2017年。
2、汤志林、殷存毅：《治理结构与高新区技术创新》，社会科学文献出版社，2012年。
3、殷存毅：《区域发展与政策》，社会科学文献出版社，2011年。
4、郝寿义，殷存毅等：《城市与区域经济科学手册》（译著，本人翻译其中5章），经济科学出版社，2008年。
5、刘映仙，殷存毅：《两岸经济关系评析》，台海出版社，1998年
代表性论文：
1、殷存毅、何晓裴：大学对科技园技术创新作用的再认识，《自然辩证法通讯》（CSSCI），2018年第6期。
2、殷存毅，吴维旭：分享与融合：“一带一路”与深化两岸经济关系的新趋势，《台湾研究》（CSSCI），2018年第1期。
3、李应博、殷存毅：“制度质量”会影响地区创新能力吗？--以台湾地区为例，《国际经济评论》（CSSCI），2018年第1期。
4、殷存毅、李蹊：“硬设计”还是“软设计”？--京津冀协同发展的研究与实践比较，《河北经贸大学学报》（CSSCI），2018年第1期。
5、殷存毅、李鼎：台湾地区税收收入过低问题的分析，《亚太经济》（CSSCI），2016年第5期。
6、Tak-Wing Ngo, Cunyi Yin, Zhilin Tang. Scalar restructuring of the Chinese State: The subnational politics of development zones，Environment and Planning C: Government and Policy（SSCI），2016,August,9.
7、殷存毅、叶志鹏、杨勇：政策创新扩散视角下的电子政务回应性实证研究——基于全国923家县级政府门户网站的在线测评数据，《上海行政学院学报》（CSSCI），2016年第4期。
8、杨勇、叶志鹏、殷存毅：财力配置与农村治理成效研究——4地4村案例比较，《北京行政学院学报》，CSSCI，2016年第1期。
9、殷存毅、何晓裴：开发区管理体制 “政府化”演变的理论分析——新制度经济学的视角，《公共管理评论》，CSSCI，2015年（总第19卷）第2期。
10、殷存毅、李鼎：台湾财政困境分析，《台湾研究》（CSSCI），2015年第6期。
11、殷存毅、施养正：空间扩展与结构完善：澳门发展前景探讨，《澳门理工学报》，2015年第2期，被《中国人民大学复印报刊资料》收录，2015年第4期，第82-92页。
12、殷存毅、杨勇：新型城镇化与乡镇管理体制改革，《云南社会科学》（CSSCI），2015年第2期。
13、殷存毅、杨勇：台湾地方基层行政管理体制变迁及影响分析 ，《台湾研究》（CSSCI），2014年第4期。
14、殷存毅、许艳妮：跨域治理：深化两岸产业合作的园区管理体制探讨，《台湾研究》（CSSCI），2013年第4期。
15、殷存毅、杨毅龙：香港的民主政治话语-问题导向与认同重塑，《当代港澳研究》，2013年3月刊。
16、李应博、殷存毅，中国大陆台商投资的空间分布特征与区域布局策略，《中国区域经济》，2012年8月刊，（台湾研究优秀成果奖获奖论文汇编(2011卷)。
17、殷存毅、夏能礼：放权或分权：我国央地关系初论，《公共管理评论》，CSSCI，2012年第1期。
18、殷存毅、杨勇：直航背景下津高两港合作研究，载入《滨海新区开发开放与涉外经济》，南开大学出版社，2012年4月，P138-173。
19、殷存毅、杨毅龙：内地旅客对香港商业营运文化的影响分析，《港澳研究》，2011年12月刊。
20、殷存毅、杨勇：资源依赖路径对区域合作的影响分析，载入《南开政治学评论2010》，2011年，南开大学出版社，P379-393。
21、殷存毅、汤志林：纵向治理、资源配置与创新网络，《国际经济评论》（CSSCI），2010年第5期。
22、殷存毅、张贤；对两岸产业合作与产业联盟的探析 ，《台湾研究》（CSSCI），2010年第6期。
23、殷存毅、汤志林：我国开发区发展的政策作用机理分析，《中国区域经济》，2010年12月刊。
24、周绍杰、王友强、殷存毅：区域协经济调发展：功能界定与机制分析，《清华大学学报》（哲学社会科学版）（CSSCI），2010年第2期。
25、刘震涛、殷存毅：两岸产业合作的必要性与可行性，《综合竞争力》，2010年第4期。
26、殷存毅、汤志林：基于选择性政策的“驻京办”及其运行模式 ，《公共管理评论》（CSSCI），2010年第1期。
27、殷存毅、汤志林：增长市场、选择性政策与区域租金，载《寻租与中国产业发展》，2010年，商务印书馆，P227-256。
28、殷存毅、汤志林：我国开发区的发展与治理——央-地关系视角，载《科学发展与行政改革》，2010年，国家行政学院出版社，P232—240。
29、殷颂葵、殷存毅：民族地区发展中的非正式制度影响分析——以青海为例，《内蒙古师范大学学报》(哲学社会科学版)，2009年第4期。
30、殷存毅：台资企业协会与两岸关系 ——基于集体行动逻辑的分析，《台湾研究》（CSSCI），2007年第2期。
31、卓凯、殷存毅：区域合作的制度基础：跨界治理理论与欧盟经验，《财经研究》（CSSCI），2007年第1期。
32、殷存毅：大陆经济转型与台商投资演变趋势——以昆山市为例，《台湾研究集刊》（CSSCI），2007第3期。
33、殷存毅：建立“和谐澳门”的几个问题思考，《发展策略》（澳门发展策略研究中心），2007年7月，第15期。
34、殷存毅：区域合作的理论与实践——以“泛珠三角”合作为例，载《2007：泛珠三角区域合作与发展研究报告》，2007年，社会科学文献出版社，P72-92。
35、殷存毅、卓凯：东亚经济格局与两岸经济关系，《台湾研究》（CSSCI），2006年第3期。
36、吕芳、殷存毅：认同与台湾问题，《公共管理评论》（CSSCI），2006年第1期。
37、吕芳、殷存毅：认同政治与国家的衰落，《世界经济与政治》（CSSCI），2005年第5期。
38、殷存毅、姜正杨：华晶科技——数码相机的越级挑战，载《台资企业个案研究》，2005年，清华大学出版社。
39、殷存毅：创新与合作：“泛珠三角”区域经济合作战略思考，载《CEPA与泛珠三角发展战略》，2005年，经济管理出版社。
40、王惠、殷存毅：台湾知识密集型服务业在祖国大陆的发展现状及趋势——以昆山为例，《亚太经济》（CSSCI），2004年第5期。
41、殷存毅：区域协调发展：—一种制度性的分析，《公共管理评论》（CSSCI），2004年第2期。
42、殷存毅、姜山：外来投资域城市化发展—对东莞和昆山城市化的实证研究，《清华大学学报》（哲学社会科学版）（CSSCI），2003年第6期。
会议论文（部分）：
1、YanniXu, Cunyi Yin : Formal Hierarchical Authority or Informal Political Networks: Cross-jurisdiction Collaboration in China，American Political Science Association( APSA) 2014 Annual Meeting， Washington D.C (US), August 27-31,2014
2、Cunyi Yin，YanniXu：Collaborative Governance in Cross-border Economic Growth: Evidence from China, 2014 Midwest Public Affairs Conference， Fort Wayne (US), March 27-29, 2014
3、Cunyi Yin, YanniXu: The Political Network and Cross-jurisdiction Collaboration in Transition Economy: Evidence from China, Midwest Political Science Association(MPSA)72nd Annual Conference, Chicago(US), April 3-6,2014
4、Cunyi Yin, YanniXu: Cross-jurisdictional Economic Collaboration and Government Entrepreneurship: Evidence from China, International Workshop on Local Government Entrepreneurship in China: Dynamics, Achievement and Risks, Beijing(China), October 25-26, 2013
5、Cunyi Yin，Yilong,Yang :An Analysis of Hong Kong Commercial Culture under the Influence of Mainland Visitors, International conference on HK’s Role in Globalization and state development, Guangzhou, China, August 20-21,2012.
6、Cunyi Yin, YanniXu：Governance Structure and Technological Innovation: A Comparative Analysis of Zhongguancun Science Park and Hsinchu Science-based industrial Park,3rd International Conference on Public Policy&Management ,Tsinghua University，Beijing(China), October 25-26, 2011
7、Cunyi Yin, Zhilin Tang：Development and Governance of China's Development Zones: A Perspective of Central-Local Relations ，The 1st Asian Seminar in Regional Science，Beijing , Sept 11-12，2010 .
8、Cunyi Yin：Economic cooperation arrangement between the two sides across the Taiwan Strait，International Workshop on East Asian Economic Integration:: Recent Trends and Prospects, Geneva, August 5-7, 2005.
9、殷存毅、李蹊：地方产业能力对人口城镇化的影响，中国区域科学协会年会，长沙，2016年10月15-16。
10、殷存毅、叶志鹏：中国县级政府电子政府回应性研究，中国区域科学协会年会，南昌，2015年10月9-10。
11、殷存毅：两岸经济关系面临的挑战，两岸暨澳台关系研讨会，澳门，2014年11月6-7日。
12、殷存毅、施养正：拓展空间与结构完善：澳门发展前景探讨，澳门回归十五周年论坛，澳门，2014年12月15日。
13、殷存毅，许焰妮：“跨域园区共建：基于市场化机制的区域协调发展”，中国区域科学协会区域发展与城镇化学术研讨会，北京， 2014年4月。
14、殷存毅、李鼎等，提升南宁首位城市能力，清华大学第九届公共管理高层论坛，南宁，2014年8月。
15、殷存毅、刘婧玥：区域经济发展中的政策效应分析，中国区域协会年会，武汉，2014年9月。
16、殷存毅，许焰妮:“政府与城市群区域协调发展——基于产权视角的分析”， 2012 年中国区域科学协会年会年中国区域科学协会年会暨城市群经济协调发展研讨会，上海，2012年6月。
