清华大学台湾研究院的前身是1999年3月成立的“清华大学台湾研究所”，2014年9月经清华大学校务委员会批准，正式更名为“清华大学台湾研究院”。

2014年10月，经中共中央台湾工作办公室批准，在清华大学台湾研究院设立中共中央台湾工作办公室、国务院台湾事务办公室“两岸经济与产业研究基地”。

宗旨与定位

清华大学台湾研究院的宗旨是发挥清华大学综合性大学的学科优势，以区域经济学、政治经济学、政治学、管理学和产业经济学等学科为依托，整合校内外人才资源，建设成为具有重要学术影响力、政策影响力、社会影响力和国际影响力的中国特色新型智库；在规范化、制度化、科学化运行体制的基础上，致力于培养推动两岸关系发展的优秀人才，产出高质量的政策研究和学术研究成果，打造两岸交流的高端平台，成为高水平、综合性的台湾研究院。

面对新的形势和新的任务，清华大学台湾研究院将有效地整合研究力量，进一步深化两岸经济和产业的交流与合作，从理论深化和实践创新上更好地为推动两岸经济融合，促进两岸和平发展，实现中华民族伟大复兴贡献力量。